这个大概是Mybatis generator一直存在的bug。重新写了一个插件，用来解决这个问题：

import org.mybatis.generator.api.GeneratedXmlFile;
import org.mybatis.generator.api.IntrospectedTable;
import org.mybatis.generator.api.PluginAdapter;

import java.lang.reflect.Field;
import java.util.List;

/**
 * 修正Mybatis每次重新generator，mapper.xml文件都不断追加的问题而用的插件
 * Created by Nemo on 2017/7/3.
 */
public class OverIsMergeablePlugin extends PluginAdapter {
    @Override
    public boolean validate(List<String> warnings) {
        return true;
    }

    @Override
    public boolean sqlMapGenerated(GeneratedXmlFile sqlMap, IntrospectedTable introspectedTable) {
        try {
            Field field = sqlMap.getClass().getDeclaredField("isMergeable");
            field.setAccessible(true);
            field.setBoolean(sqlMap, false);
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
        return true;
    }
}

然后在generator.xml文件中添加插件引用，这个问题即可得到解决。